O estudante comum do ensino médio Kyou Sogoru é um ávido nadador que vive na bela cidade de Maihama. Ele passa seus dias saindo com amigos, nadando e jogando videogame. No entanto, sua vida normal vira de cabeça para baixo quando uma garota bonita e misteriosa chamada Shizuno Misaki se aproxima dele com um pedido estranho—pular na piscina da escola juntos. Este salto fatídico transporta Kyou para um mundo devastado pela guerra onde os humanos pilotam impressionantes robôs humanoides conhecidos como Zegas para lutar contra alienígenas maliciosos conhecidos como Gards-Orm. Para liderar este empreendimento, os humanos formaram a Cerebrum, uma organização rebelde que trabalha para impedir que os Gards-Orm erradiquem a humanidade. À medida que Kyou participa de operações de combate, conhece seus colegas pilotos de Zega e testemunha inúmeras mortes, ele começa a questionar a verdadeira natureza deste mundo, bem como a sua própria vida.