Capitão Tsubasa é a história apaixonante de um estudante do ensino fundamental cujos pensamentos e sonhos giram quase inteiramente em torno do amor pelo futebol. Tsubasa Oozora, de 11 anos, começou a jogar futebol muito jovem e, embora fosse principalmente um esporte recreativo para seus amigos, para ele tornou-se uma espécie de obsessão. A fim de realizar seu sonho com o melhor de suas habilidades no ensino fundamental, Tsubasa se muda com sua mãe para a cidade de Nankatsu, conhecida por seus excelentes times de futebol do ensino fundamental. Mas embora ele fosse facilmente o melhor em sua cidade velha, Nankatsu tem muito mais competição, e ele precisará de toda sua habilidade e talento para se destacar dessa nova multidão. Ele encontra não apenas rivais, mas também novos amigos, como a linda garota Sanae Nakazawa e o talentoso goleiro Genzo Wakabayashi, que compartilha a mesma paixão de Tsubasa e provará ser um amigo querido ao ajudá-lo a ir em direção aos seus sonhos. Representar o Japão na Copa do Mundo da FIFA é o maior sonho de Tsubasa, mas será preciso muito mais do que talento para alcançá-lo.

Aichi e seus amigos venceram o Torneio Nacional e decidem seguir seus próprios caminhos até que um garoto misterioso chamado Takuto Tatsunagi aparece. Ele revela que os líderes Royal Paladins, Dark Paladins e Kagero foram capturados, e a única maneira de libertar Cray é os lutadores Vanguard usarem um novo poder - Limit Break. Como os Paladinos Reais perdem a habilidade de lutar, o deck de Aichi é alterado para um deck de Paladino Dourado. Aichi e seus amigos agora devem ganhar o Vanguard VF Circuit se quiserem saber mais sobre as ocorrências em Cray e libertar seus velhos amigos.