Enquanto a Quarta Guerra do Santo Graal continua sem um vencedor claro à vista, os servos restantes e seus Mestres são chamados pelo supervisor da Igreja Risei Kotomine, a fim de se unir e enfrentar uma ameaça iminente que poderia desfazer a Guerra do Graal e provocar o destruição da cidade de Fuyuki. A trégua desconfortável logo desmorona quando os Mestres demonstram que farão qualquer coisa em seu poder, não importa o quão desprezível, para vencer. As sementes da dúvida são semeadas entre Kiritsugu Emiya e Saber, seu Servo, à medida que suas ideologias conflitantes sobre heroísmo e cavalheirismo se chocam. Enquanto isso, um vínculo sinistro se forma entre Kirei Kotomine, que ainda busca encontrar seu propósito na vida, e um dos Servos restantes. Conforme a contagem regressiva para o fim da guerra chega a zero, o custo da vitória começa a confundir a linha entre a vitória e a derrota.

Um ano se passou desde que Tooru Honda começou a morar na residência dos Souma, e desde então ela criou laços mais fortes com seus habitantes, Shigure, Kyou e Yuki. Ela também se aproximou do restante da família Souma e se familiarizou com o segredo ancestral deles, tendo ajudado muitos com seus problemas pessoais. Contudo, quanto mais Tooru se aproxima, mais ela começa a perceber que o segredo deles guarda uma verdade mais sombria do que ela imaginava inicialmente. O verão está se aproximando e Tooru é convidada a passar seus dias com os Soumas, principalmente Kyou e Yuki. Tooru deseja ter umas férias tranquilas, mas seus relacionamentos próximos com os dois garotos e o restante da família Souma podem causar problemas. À medida que eles se tornam mais íntimos, o tempo despreocupado que passam juntos é prejudicado por antigas dificuldades e sentimentos do passado que começam a ressurgir. O Banquete Eterno também se aproxima para os membros do zodíaco, e eles devem cumprir seus deveres ao lado do inquietante chefe da família, Akito Souma. Com o banquete se aproximando e uma infinidade de sentimentos para resolver, a vida de Tooru com os Soumas permanecerá pacífica, ou ela se encontrará em uma situação da qual não poderá escapar?

Centenas de anos atrás, os espíritos do zodíaco chinês e seu deus juraram permanecer juntos eternamente. Unidos por essa promessa, os membros possuídos da família Souma sempre retornarão uns aos outros, independentemente das circunstâncias. No entanto, quando esses laços os impedem de ter liberdade, eles se tornam um fardo indesejável—uma maldição. Como chefe do clã, Akito está convencido de que compartilha uma conexão especial com os outros Soumas. Enquanto ele se apega desesperadamente a essa fantasia, o restante da família permanece isolado e suprimido pelo medo de punições. Tooru Honda, que se apegou aos Soumas, está determinada a quebrar as correntes que os prendem. Sua amizade com a família e seus amigos a incentiva a seguir em frente com a missão de levantar a maldição. No entanto, devido a revelações desconcertantes, ela luta para encontrar a tenacidade necessária para continuar seus esforços. Com o tempo se esgotando, Tooru enfrenta um futuro incerto na esperança de alcançar a tranquilidade que pode estar além de toda essa comoção.

Edward Elric, um jovem alquimista brilhante, perdeu muito em sua vida de 12 anos: quando ele e seu irmão Alphonse tentam ressuscitar sua mãe morta por meio do ato proibido de transmutação humana, Edward perde seu irmão e também dois de seus membros . Com suas habilidades supremas de alquimia, Edward liga a alma de Alphonse a uma grande armadura. Um ano depois, Edward, agora promovido a alquimista de metal completo do estado, embarca em uma jornada com seu irmão mais novo para obter a Pedra Filosofal. Há rumores de que o objeto mítico lendário é capaz de amplificar as habilidades de um alquimista aos trancos e barrancos, permitindo que eles superem a lei fundamental da alquimia: para ganhar algo, um alquimista deve sacrificar algo de igual valor. Edward espera recorrer aos recursos militares para encontrar a lendária pedra e restaurar o corpo dele e de Alphonse ao normal. No entanto, os irmãos Elric logo descobrem que há mais na lendária pedra do que os olhos podem ver, enquanto são levados ao epicentro de uma batalha muito mais sombria do que eles poderiam ter imaginado.

Após um experimento de alquimia horrível dar errado na casa dos Elric, os irmãos Edward e Alphonse são deixados em uma nova realidade catastrófica. Ignorando o princípio alquímico que proíbe a transmutação humana, os meninos tentaram trazer sua mãe recentemente falecida de volta à vida. Em vez disso, sofreram uma brutal perda pessoal: o corpo de Alphonse se desintegrou enquanto Edward perdeu uma perna e depois sacrificou um braço para manter a alma de Alphonse no reino físico, ligando-a a uma armadura imponente. Os irmãos são resgatados por sua vizinha Pinako Rockbell e sua neta Winry. Conhecida como uma prodígio da engenharia bio-mecânica, Winry cria membros protéticos para Edward usando "automail", um metal resistente e versátil usado em robôs e armaduras de combate. Após anos de treinamento, os irmãos Elric partem em uma busca para restaurar seus corpos, localizando a Pedra Filosofal - uma pedra poderosa que permite a um alquimista desafiar as leis tradicionais da Troca Equivalente. À medida que Edward se torna um alquimista infame e ganha o apelido de "Fullmetal", a jornada dos meninos os envolve em uma crescente conspiração que ameaça o destino do mundo.

Após testemunhar morte e tragédia o suficiente, o imortal Fushi se isola em uma ilha, se defendendo dos inimigos Nokkers. No entanto, em vez de atacar Fushi em isolamento, os Nokkers começam a atacar os assentamentos fora de seu alcance na esperança de atraí-lo para fora. Logo, um grupo conhecido como os Guardiões — liderado por Hisame, descendente do falecido guerreiro Hayase — encontra Fushi. Inspirados em como Fushi protegeu a Ilha Janada dos Nokkers anos atrás, os Guardiões cresceram em número e são reconhecidos em todo o mundo. Inicialmente relutante, Fushi permite que os Guardiões o acompanhem até o local do recente ataque dos Nokkers. Em sua aldeia, Fushi conhece alguns valiosos aliados, tanto novos quanto antigos. Mas à medida que o conflito com os Nokkers só leva a mais perdas, Fushi deve encontrar a força interior para enfrentar sua inevitável tristeza..