Um dia, o sol vermelho brilhante parou de brilhar, causando o "Fenômeno de Colapso" - a destruição da cidade de Arata Kasuga e o desaparecimento das pessoas que a habitavam. Tudo, entretanto, ainda não está perdido; ao utilizar o grimório mágico dado a ele por seu amigo de infância e primo Hijiri Kasuga, o mundo de Arata é reconstruído artificialmente. Para investigar o fenômeno, Lilith Asami aparece diante de Arata, cujo mundo artificial de repente se desintegra. Ele tem duas opções: entregar o livro ou morrer. No entanto, Arata escolhe a terceira opção - matricular-se na escola ultrassecreta de magia Royal Biblia Academy, onde seis outros usuários de magia o aguardam. Junto com Lilith, esses seis formam a Trindade Sete, a elite da escola que reforça seu próprio poder e habilidade. Com a ambição de salvar Hijiri e a ajuda de seus novos amigos, Arata nada faz para impedir a destruição de sua amada cidade natal e trazer seu melhor amigo de volta.