A magia Onmyoudou foi outrora uma técnica poderosa usada pelos japoneses durante a Segunda Guerra Mundial para que eles pudessem ganhar vantagem e estabelecer sua nação como uma força formidável. Mas o Japão foi rapidamente derrotado depois que o reverenciado onmyouji Yakou Tsuchimikado causou o "Grande Desastre Espiritual", um evento que assola Tóquio até hoje. Como resultado desse "incidente", a Agência Onmyou foi estabelecida para exorcizar mais desastres espirituais e combater os demônios que entrariam no mundo. Agora, o Onmyoudou tornou-se muito mais moderno, simplificado e refinado para uso em uma ampla variedade de aplicações, como medicina e tecnologia. No entanto, nem todos são capazes de utilizar a magia, como é o caso de Harutora, um membro da família ramificada dos Tsuchimikado. Apesar de uma antiga promessa de proteger Natsume, a herdeira da família principal dos Tsuchimikado e suposta reencarnação de Yakou, como seu familiar, Harutora não tem talento e escolhe viver uma vida normal. Mas quando um membro proeminente da Agência Onmyou tenta recriar o mesmo experimento que levou à queda do Japão, ele decide cumprir sua palavra e lutar ao lado de Natsume.