A catástrofe, "Martelo do Éden", resultou na perda de seis bilhões de vidas e no alagamento de 90% da terra. Catorze anos depois, as Novas Nações Unidas foram formadas para buscar a paz nas terras arruinadas. Keel é um garoto que vive em uma cidade chamada Yabitsu, uma área que prosperou devido à energia do gerador nuclear trazido pela catástrofe. Sua parente mais próxima, Aoi, é a secretária-geral das Novas Nações Unidas. Ela vê a catástrofe como uma oportunidade para criar um novo mundo no qual as nações possam ajudar umas às outras a superar diferenças de raças e religiões. No entanto, seus esforços para realizar essa visão falham devido à falta de vontade das nações em mudar. Gould, um oficial militar, sente que a única maneira de estabelecer a ordem é através do exército. Usando o Ulysses, um submarino nuclear, junto com sua tripulação, incluindo o irmão de Keel, Tean, Gould realiza um golpe para declarar guerra contra as Novas Nações Unidas em seu ataque a Yabitsu.