No futuro distante, por causa de uma guerra interplanetária que se arrastou por séculos, as civilizações foram arruinadas. Os seres humanos perderam tudo, e apenas 1/5 da população sobreviveu. Uma estranha raça de humanos, "O Terceiro", teria aparecido logo após a guerra. Eles possuem um terceiro olho, como o nome sugere, que aparece como pupilas vermelhas em forma oval chamadas de "olhos espaciais" sobre seus dois olhos convencionais. Usando-os, eles podem controlar sistemas de computador e assim por diante, e como tal, governam o mundo por seu poder superior sobre a tecnologia. Neste mundo, há uma jovem chamada Honoka; ela é uma mercenária "pau para toda obra", e aceita qualquer trabalho, exceto assassinato. Um dia, ela encontra e resgata um jovem chamado Ikus no deserto. Entrando no mundo dele, e aceitando um trabalho dele, a aventura começa para Honoka e Ikus.