Apesar da derrota de Quinella — a pontífice da Igreja Axiom —, as coisas ainda não se acalmaram. Ao contatar o mundo real, Kazuto "Kirito" Kirigaya descobre que o Ocean Turtle — um mega-flutuador controlado por Rath — foi invadido. Devido a um curto-circuito repentino causado pelos invasores, o fluctlight de Kirito é danificado, deixando-o em coma. Sentindo-se insegura em relação às pessoas na Igreja Axiom, Alice leva o inconsciente Kirito de volta à sua cidade natal — Rulid Village, desconsiderando seu banimento devido a um crime não absolvido. Agora, Alice está vivendo uma vida comum e pacífica perto da vila, desejando que Kirito acorde. No entanto, a tragédia ataca quando Alice percebe que o Território das Trevas já começou a invadir o Império Humano. Retomando seu antigo pseudônimo, Alice Synthesis Thirty, ela promete derrotar o Território das Trevas para defender o mundo que Kirito e Eugeo trabalharam tanto para proteger.