A batalha final contra o Território Negro se arrasta, enquanto jogadores de todo o mundo "inundam" os servidores do Underworld e mergulham o Império Humano em completo caos. Asuna Yuuki e seus amigos defendem seus novos aliados com tudo o que têm, mas seus números estão diminuindo. Enquanto isso, Alice Zuberg segue em direção ao Altar do Fim do Mundo, enquanto Gabriel "Vecta" Miller a persegue implacavelmente. Enquanto isso, membros da Rath elaboram um plano na tentativa de restaurar o fluctlight danificado de Kirito. No entanto, os intrusos que ocupam a sala de controle principal têm outros planos. Cercado por morte e desespero, quando toda a esperança parece perdida, uma voz alcança Kirito — uma voz familiar dizendo: "Eu estarei sempre ao seu lado." "Sword Art Online: Alicization - War of Underworld 2nd Season" é a conclusão épica do sonho de Akihiko Kayaba de criar inteligência artificial humana. Agora, cabe a Kirito e seus amigos protegerem este mundo em colapso das pessoas que ainda pensam que é apenas um jogo.