Após repelir a ameaça de uma invasão Neuroi em Romagna e destruir o ninho inimigo sobre Veneza, Yoshika Miyafuji retorna à sua cidade natal no Império de Fusou. Apesar da perda de suas habilidades mágicas e curativas, a ex-oficial da 501ª Ala de Caça Conjunta deseja continuar estudando medicina. Isso visa ajudar os necessitados, tanto civis quanto aqueles nas linhas de frente. Ela recebe um convite de uma escola de prestígio na Europa e decide aceitar a oferta, embarcando em uma jornada de volta ao continente devastado pela guerra. No entanto, um novo perigo surge, pois cada vez mais Neuroi conseguem romper as linhas de defesa humanas, aparecendo despercebidos em áreas supostamente seguras e perturbando o equilíbrio de poder na Europa. O senso de dever de Yoshika entra em conflito com sua incapacidade de pilotar uma Unidade Striker, mas com seus amigos em perigo, parece haver apenas uma coisa que ela pode fazer.