"Lembre-se, quando você tinha asas." Em resposta a um desejo de 12.000 anos atrás, um coração "partido" se conecta. Quando o sol, a lua e Marte se encontram, uma nova melodia de fusão flui! Enoshima é uma pequena ilha flutuando no Mar de Shonan. Em sua bela e tranquila praia, existe a "Private Enoshima Academy". A escola "reúne crianças talentosas" de todo o país e lhes "fornece uma educação talentosa" usando os equipamentos mais recentes. Sakko, Rimiya e Toshi, que foram selecionados como alunos na classe de "reforço especial" "Elements", são "ordenados a pilotar" a "Vector Machine", um avião de combate movido pelo poder da emoção, e são "forçados a lutar" contra a misteriosa arma de invasão "Mythical Beasts". No meio da batalha, guiada por uma visão misteriosa, Sakko grita... "Planetary Fusion! Go, Aquarion!" No final de repetidas reencarnações, a "asa celestial mecânica" Aquarion aparece. Os meninos e meninas, "carregados com seus destinos", ficarão "face a face com a verdade do universo" enquanto a misteriosa organização Space Egg Society e as intenções dos adultos se "cruzam"... Este é um "grande mito de amor" "tecido com os próprios sentimentos" e a sobrevivência do universo em jogo.