Shiki Toono acorda em um quarto de hospital com a habilidade de ver linhas invisíveis. Esses finos fios, que compõem toda a matéria em Shingetsutan, destroem instantaneamente um objeto quando cortados. Shiki descobre que, se ele traçar as linhas de algo, sua destruição logo se segue. Mantendo sua visão sobrenatural em segredo, Shiki prossegue vivendo sua vida de estudante em paz. No entanto, essa paz dura pouco quando Shiki encontra uma mulher misteriosa com olhos vermelho-brilhantes em seu caminho de volta da escola. Após um súbito lapso psicótico, ele parece matar a mulher e desmaia pouco depois. Como se as coisas não pudessem piorar, Shiki é atacado por um par de cães demoníacos no dia seguinte — enfrentando uma morte certa, Shiki é salvo pela chegada oportuna da mesma mulher de ontem. Ela se apresenta como Arcueid Brunestud, uma princesa vampira. Decidindo formar uma equipe, Shiki e Arcueid embarcam em uma jornada para descobrir a verdade por trás de suas linhagens e a recente série de assassinatos pela cidade.