Em uma sociedade pós-apocalíptica, grande parte do Japão, devastado por terremotos, foi deixada em ruínas, resultando em uma abundância de vegetação. Governos gerenciam grande parte das emissões mundiais, resultando em uma enorme divisão de classes e disparidade econômica. O governo japonês lança o "Projeto Atlas", uma cidade utópica que substituirá Tóquio, mas que só pode acomodar um certo número de pessoas. Essa limitação significa que algumas pessoas terão que viver fora da cidade, em selvas, como refugiados. No entanto, com qualquer plano falho surgem aqueles dispostos a desafiá-lo. Estes incluem Kuniko Houjou, herdeira de uma cidade renegada; Mikuni, uma criança misteriosa e poderosa mantida em um templo secreto; Kunihito Kusanagi, um soldado para o monopólio exclusivo e de alta tecnologia Atlas; Karin Ishida, uma gênia da economia com influência em mercados ao redor do mundo; e a vilã Ryouko Naruse, liderando Atlas em sua dominação deste mundo futuro. Será que este grupo de rebeldes, formando um movimento conhecido como "Metal-Age", conseguirá se unir para demonstrar que a inclusão e o trabalho em equipe prevalecem sobre a segregação cruel?