Xamãs são indivíduos extraordinários com a capacidade de se comunicar com fantasmas, espíritos e deuses, invisíveis para pessoas comuns. O Shaman Fight — um prestigioso torneio que coloca xamãs de todo o mundo uns contra os outros — é realizado a cada quinhentos anos, onde o vencedor é coroado Shaman King. Este título permite ao ocupante atual invocar o Grande Espírito e moldar o mundo como bem entender. Certa noite, atrasado para a aula, Manta Oyamada, um estudante comum do ensino médio, decide pegar um atalho pelo cemitério local. Notando-o, um garoto solitário sentado em uma lápide convida Manta para observar as estrelas com "eles". Percebendo que "eles" se refere ao garoto e seus amigos fantasmagóricos, Manta foge aterrorizado. Mais tarde, o garoto se apresenta como You Asakura, um xamã em treinamento, e demonstra seus poderes ao se unir ao fantasma do samurai de seiscentos anos Amidamaru para salvar Manta de um grupo de bandidos. You faz amizade com Manta devido à sua capacidade de ver espíritos, e com a ajuda de Amidamaru, eles partem para cumprir o objetivo de You de se tornar o próximo Shaman King.