Lain Iwakura, uma garota de quatorze anos desajeitada e introvertida, é uma das muitas alunas de sua escola a receber um e-mail perturbador de sua colega de classe Chisa Yomoda — a mesma Chisa que recentemente cometeu suicídio. Lain não tem nem o desejo nem a experiência para lidar com tecnologia básica; ainda assim, quando a tecnofóbica abre o e-mail, ele a leva direto para a Wired, um mundo virtual de redes de comunicação semelhante ao que conhecemos como internet. A vida de Lain vira de cabeça para baixo à medida que ela começa a encontrar mistérios crípticos um após o outro. Homens estranhos chamados Homens de Preto começam a aparecer onde quer que ela vá, fazendo-lhe perguntas e de alguma forma sabendo mais sobre ela do que ela mesma sabe. Com as fronteiras entre a realidade e o ciberespaço rapidamente se tornando indistintas, Lain é mergulhada em eventos mais surreais e bizarros onde identidade, consciência e percepção são conceitos que assumem novos significados. Escrita por Chiaki J. Konaka, cujas outras obras incluem Texhnolyze, Serial Experiments Lain é uma série de mistério psicológica avant-garde que acompanha Lain enquanto ela faz escolhas cruciais que afetarão tanto o mundo real quanto a Wired. Ao fechar um mundo e abrir outro, somente Lain perceberá o significado de sua presença.