O esforçado, porém brilhante, Minato Sahashi, de 19 anos, falhou em seus exames de admissão à faculdade pela segunda vez, resultando em ser considerado inútil por aqueles ao seu redor. No entanto, o rumo de seu futuro aparentemente sombrio é drasticamente alterado quando uma bela mulher sobrenatural cai do céu em sua vida. Essa mulher, Musubi, é um ser único conhecido como "Sekirei", uma extraterrestre humanoide com habilidades extraordinárias. Esses alienígenas são conhecidos por beijar humanos que carregam o gene Ashikabi para despertar poderes latentes adicionais em seu interior. Reconhecendo o potencial no jovem aparentemente insignificante, Musubi beija o perplexo Minato, iniciando um vínculo entre os dois. Isso o arrasta para o mundo de altas apostas dos Sekirei, onde ele e sua nova parceira devem competir contra outros em uma batalha por sobrevivência chamada "Plano Sekirei". No entanto, sem o conhecimento dos competidores, há muito mais em jogo do que a competição inicialmente implicava.