Com sua paisagem deslumbrante e povo próspero, o Grande Japão é a inveja de todas as outras nações. Mas uma séria ameaça paira sobre o país. Guardiões misteriosos conhecidos como Mestres Samurais são a única defesa do Grande Japão. A pedido do conselho estudantil, o jovem samurai Muneakira Yagyuu chega à Escola Acadêmica Buou. Administrada pelo Shogunato Tokugawa, aqui as crianças de guerreiros recebem a educação aristocrática necessária para governar o país. A escola é liderada pelo presidente do conselho estudantil Yoshihiko Tokugawa e sua irmã Sen, que também é amiga de infância de Muneakira. Ao chegar à academia, Muneakira se encontra no meio de uma terrível luta. Durante o caos, o céu se enche com uma peculiar luz branca e uma garota misteriosa chamada Juubei Yagyuu aparece e de repente beija Muneakira. Com seu beijo, ela desperta um poder desconhecido que os protege. Quem é essa garota, e de onde ela veio? Muneakira se vê envolvido no destino do país e em uma ameaça que abalará o Grande Japão até suas raízes. Ele deve aprender o segredo por trás dos Mestres Samurais e do beijo que despertou o poder de Juubei para proteger seu país.