Após viver dias pacíficos no dojo Kamiya, Kenshin Himura se encontra em uma encruzilhada crucial, pois seu voto de nunca tirar uma vida é posto à prova máxima. Após o assassinato de seu ex-comandante, ele agora tem que refazer o caminho da violência e do sangue para derrubar Makoto Shishio — o assassino prodígio que se autodenomina o sucessor do notório Battousai. Com ambições de derrubar o governo Meiji e estabelecer seu domínio em Kyoto, Shishio planejou meticulosamente por uma década, construindo uma formidável força militar antigovernamental. Agora, Shishio voltou seus olhos para recrutar Aoshi Shinomori, um assassino de sangue frio e ex-líder dos lendários guerreiros do Grupo Oniwaban. Enquanto Kenshin viaja por uma vila abandonada pelo governo e atualmente sob o punho de ferro dos capangas de Shishio, ele está determinado a impedir que o país volte a cair na guerra civil. Ele se alia a seu antigo rival, Hajime Saitou, forjando uma parceria frágil em uma batalha contra o império de Shishio que determinará o destino do Japão.