A jornada de Satoshi e seus amigos pela região de Kalos continua! Após Satoshi obter sua sétima insígnia de ginásio, o grupo está seguindo para a próxima cidade quando Eureka descobre um Pokémon misterioso descansando em sua pochette. Logo batizado de Puni-chan, é um que nem mesmo o novo Pokémon Zukan de Satoshi e Serena consegue identificar. No entanto, rapidamente fica evidente que Puni-chan é o alvo de um grupo misterioso vestido com trajes vermelhos brilhantes, conhecido como Team Flare, que visa capturar o novo Pokémon para promover sua agenda. Mas quando Satoshi e a turma percebem que a enigmática organização não tem intenção de tratar Puni-chan com decência, eles se opõem aos planos da Team Flare, ousando lutar. Com as previsões de Gojika pairando sobre eles, Satoshi almeja sua última insígnia de ginásio enquanto Serena disputa sua última Princess Key para poder competir na Master Class do TriPokalon. Mas à medida que a Team Flare começa a se mover em busca do misterioso Z, as histórias de Pokemon XY e Pokemon XY: Mega Evolution se cruzam, e Satoshi e seus amigos, junto com a Team Rocket, se veem envolvidos em um esquema que pode colocar Kalos em grande perigo.