Pokémon são criaturas maravilhosas que vêm em uma variedade de tipos e tamanhos, com habilidades, poderes e personalidades tão diversas quanto numerosas. O Professor Samuel Carvalho (Doutor Yukinari Ookido) dedicou sua vida a estudar esses seres fascinantes, que podem ser capturados, treinados, trocados e batalhados uns contra os outros. No entanto, há limites para o que ele pode fazer em seu laboratório. Com isso em mente, Professor Carvalho confia a dois jovens garotos um Pokémon próprio e uma enciclopédia computadorizada para catalogá-los. Um deles, Green (rival de Ash), é ousado, apaixonado, ligeiramente arrogante e sobrinho do próprio Professor Carvalho. O outro garoto, Red (Ash no original), é igualmente apaixonado e cheio de um senso de admiração ingênuo. Pokémon: A Origem acompanha Red em sua jornada pela região de Kanto em sua tentativa de completar sua Pokédex capturando e catalogando todos os Pokémon existentes. Ao longo do caminho, ele descobrirá que há mais em si mesmo e em seus objetivos do que ele pensava inicialmente. Red terá que se testar, junto com seus Pokémon, em Ginásios especiais cujos líderes são degraus no caminho para a Liga Pokémon, a fim de desafiar a Elite dos Quatro e se tornar um Campeão da Liga Pokémon. Além de seus objetivos de se tornar um Campeão, Red tem outros problemas surgindo. Há outros que capturam e treinam Pokémon por razões mais sinistras, sendo a infame organização criminosa Equipe Rocket uma delas. Se Red conseguir derrotá-los, outros treinadores, seu rival Green e Pokémon selvagens por toda Kanto, ele pode muito bem realizar seu próprio sonho, e o do Professor Carvalho também.