Ash Ketchum e seus amigos se perdem em um deserto desconhecido. Eles eventualmente encontram um "Show Pokémon Aquático" realizado pela estrela da Trupe do Marinheiro, Hiromi. Hiromi é descendente da tribo do Povo da Água, capaz de se comunicar com Pokémon aquáticos, e ela conta aos nossos heróis a lenda que foi passada por seu povo por gerações. Segundo a lenda, um templo que o Povo da Água construiu, chamado "O Templo Aquático Akuusha", repousa em algum lugar no oceano, e um tesouro chamado "A Coroa da Água" está escondido lá. Diz-se que ninguém jamais viu esse tesouro, mas isso muda quando um Ranger Pokémon chamado Jack Walker (também conhecido como Jackie) aparece para persegui-lo. Jackie está em uma missão ultrassecreta que o faz proteger o ovo do líder dos Pokémon aquáticos, Manaphy. Este Pokémon, chamado de "Príncipe do Mar", precisa ser levado ao Templo Aquático Akuusha, então Ash e Hiromi decidem ajudá-lo. Ao longo do caminho, um pirata chamado Phantom ataca nossos heróis de seu grande submarino. Phantom planeja usar o poder da Coroa da Água para ajudá-lo a conquistar o mundo, mas ele terá que resolver o mistério do ovo de Manaphy primeiro. Quando a Equipe Rocket entra na jogada, Jackie usa seu Estilo de Captura para pegar emprestado o poder de um Pokémon próximo para enfrentá-los. Ash e Pikachu entram na briga, mas ainda têm que lidar com os ataques do poderoso mecha de alta tecnologia de Phantom! De repente, o ovo começa a brilhar com uma luz vívida, e Manaphy nasce! Qual é o mistério do lendário tesouro? Que poderes misteriosos Manaphy possui? Ash e Jackie conseguirão completar sua missão ultrassecreta? A jornada para chegar ao Templo Aquático Akuusha começou!