Há muito tempo, o povo do Palácio de Cameron se viu à beira da destruição. Felizmente, escaparam dela quando Sir Aaron, o Verdadeiro Guardião da Aura, os salvou. Ele se sacrificou para deter uma guerra entre reinos. Desse dia em diante, um torneio é realizado todos os anos para comemorar seu nobre feito. Ash Ketchum, um promissor treinador Pokémon de Kanto, consegue vencer o último torneio e tem permissão para empunhar um cajado que se diz ter pertencido ao próprio Sir Aaron. Lucario, o Pokémon Aura — que também é o servo do Verdadeiro Guardião — emerge do cajado. No entanto, lembrando-se de sua última memória de seu mestre o abandonando, Lucario foge confuso. Enquanto isso, Pikachu, companheiro de Ash, é abruptamente levado por um Pokémon chamado Mew para a lendária Árvore do Início. Apenas Lucario sabe o caminho até lá, mas ele não está disposto a confiar em humanos após a traição de seu mestre. Mesmo assim, para salvar seu parceiro, Ash e seus companheiros devem conseguir toda a ajuda de que precisam e viajar para a Árvore do Início, desvendando verdades ocultas de séculos atrás.