Enquanto continuam sua jornada pela região de Johto, Ash Ketchum e seus amigos visitam Altomare, uma cidade insular que sedia um evento de corrida anual chamado Corrida Aquática Pokémon. Enquanto Brock e Misty se divertem, coisas estranhas parecem acontecer com Ash — ele de alguma forma perde a corrida aquática, vê algumas mulheres atacarem uma garota com seus Pokémon e, apesar de tê-la salvado, a garota mais tarde nega ter visto Ash e Pikachu antes! Felizmente para Ash, sua confusão se dissipa quando ele descobre que a garota que ele e Pikachu salvaram mais cedo era, na verdade, um Pokémon chamado Latias, que gosta de se disfarçar como sua amiga humana, Kanon. Latias e outro Pokémon, Latios, são conhecidos como os Pokémon Eon, pois habitam e guardam Altomare junto com uma mística esfera azul chamada Jóia da Alma. Uma antiga lenda de Altomare está altamente conectada aos Pokémon Eon e à Jóia da Alma, e é bem conhecida entre os moradores — assim como entre as antigas agressoras de Latias, as irmãs ladras Zanner e Lyon. Enquanto as ladras tentam capturar tanto os Pokémon Eon quanto a Jóia da Alma, Ash é forçado a agir para impedi-las de trazer desastre a Altomare.