Celebi, um Pokémon Lendário conhecido por sua habilidade de viajar no tempo, é caçado por um caçador de Pokémon não identificado que busca capturá-lo. Sammy Carvalho, um jovem treinador Pokémon que gosta de desenhar retratos de Pokémon, tenta proteger Celebi depois que este o encontra; mas, no meio de sua fuga, ambos desaparecem sem deixar vestígios. Quarenta anos depois, o ambicioso treinador Pokémon Ash Ketchum espera avistar Pokémon raros em sua área local. White, um barqueiro, leva Ash ao seu vilarejo. Ash é acompanhado por seus três amigos mais próximos: Brock, um ex-líder de ginásio treinando para ser um grande criador de Pokémon; Misty, uma jovem que quer se tornar uma treinadora de tipo Água habilidosa; e Pikachu, parceiro Pokémon de Ash e primeiro camarada. Enquanto isso, Sammy Carvalho e Celebi reaparecem no tempo presente de Ash e encontram seu grupo. O mascarado Lord Vicious, o mais forte membro da equipe executiva da Equipe Rocket, deseja capturar Celebi. Usando a Dark Ball, uma variante da Monster Ball que corrompe o Pokémon capturado e extrai seu poder máximo, Vicious pode transformar Pokémon inocentes em obstáculos poderosos e assustadores — incluindo o próprio Celebi! Colocados em uma situação difícil, Ash, Sammy Carvalho e seus amigos devem trabalhar juntos para derrotar Vicious e salvar Celebi e a si mesmos.