Uma antiga profecia narra um dia em que os titãs de gelo, relâmpago e fogo são perturbados. Quando isso acontece, Lugia, o guardião do mar, surgirá e restaurará a harmonia. Encantado pelas palavras da profecia, Gelardan, um colecionador de Pokémon, parte em sua aeronave com um plano terrível para capturar Lugia, indo atrás desses três titãs. Após a ação de Gelardan, uma drástica mudança climática começa a ocorrer, com terríveis tempestades surgindo por todo o globo. Uma dessas tempestades faz com que o navio que transporta os treinadores Satoshi, Kasumi e Kenji saia da rota e pouse na Ilha Shamouti. Ao chegar, Satoshi é informado sobre a antiga profecia e sobre seu destino como o escolhido que ajudará Lugia a restaurar o equilíbrio do mundo. Com o destino do mundo em suas mãos, Satoshi deve reunir coragem para enfrentar o caos que ameaça destruir tudo e deter Gelardan.