Há um século, o poder de uma criatura poderosa conhecida como Hoopa, capaz de derrotar Pokémon lendários sozinha, foi capturado em uma garrafa por um viajante solitário. A garrafa foi então escondida nas profundezas de uma caverna no deserto, na esperança de que a escuridão selada nela nunca mais visse a luz do dia. Anos depois, um jovem encontra a garrafa e quebra as maldições que a cercavam, liberando o poder confinado nela. Seu conteúdo toma a forma da sombra de Hoopa, e ela usa seu poder ilimitado para quebrar a garrafa e impedir que alguém a capture novamente. A sombra então entra em fúria e ataca o Hoopa original, enquanto ambos os Pokémon invocam outras criaturas lendárias para ajudá-los em sua briga. Ash Ketchum — um promissor treinador Pokémon da região de Kanto — e seus amigos são pegos no fogo cruzado e agora devem trabalhar para deter os Pokémon devastadores, ou enfrentar um confronto devastador de lendas.