Em eras passadas, o Reino do Vale, um reino poderoso e florescente, caiu em turbulência. Os dois filhos do governante se voltaram um contra o outro, liberando os poderes de seus familiares Lendários — Reshiram e Zekrom — e perturbando a Força Dragão que supria o reino com energia. Com a ajuda do Pokémon Mítico Victini, o equilíbrio foi restaurado e a Força Dragão foi ligada pela Espada do Vale. Se a Espada fosse movida, a devastação surgiria novamente. Damon, um descendente do agora disperso Povo do Vale, está tentando restaurar o reino de seu povo à sua antiga glória. Ele consegue invocar o Pokémon Lendário Zekrom, com o objetivo de erguer a Espada do Vale e aproveitar o poder da Força Dragão para si mesmo. Enquanto isso, Ash Ketchum e seus companheiros visitam a Cidade de Eindoak, localizada no sopé da Espada do Vale. Confrontados com o plano de Damon, eles ajudam Victini, guardião do Vale, a impedir que o plano se concretize e a evitar a repetição da tragédia que ocorreu há um milênios.