Em eras há muito esquecidas, quando a Terra se viu em rota de colisão com um meteoro, o Pokémon Lendário Arceus usou seu poder para desviar o perigo. No entanto, esse feito fez com que as 16 Placas que o cercavam se espalhassem pelo mundo. Sem as Placas fornecendo energia vital a Arceus, ele começou a morrer. Um humano chamado Damon conseguiu encontrar uma das Placas e a devolveu ao Pokémon moribundo, ajudando-o a se recuperar. Como recompensa, Arceus criou a Jóia da Vida e a deu ao povo da Cidade de Michina, estipulando que ela deveria ser devolvida, mas os humanos se recusaram, guardando a Jóia para si. Na batalha que se seguiu, Damon foi morto e Arceus entrou em sono, prometendo punir a humanidade em seu retorno. Ash Ketchum e seus companheiros chegam à Cidade de Michina, onde encontram Sheena, uma descendente de Damon, que afirma estar em posse da Jóia da Vida e pretende devolvê-la a Arceus quando ele despertar. A situação toma um rumo inesperado quando Arceus, apesar das melhores intenções de Sheena, permanece insatisfeito. Ash deve agora impedir a destruição de toda a raça humana, pois a fúria de Arceus causa distorções na estrutura do universo, enfurecendo o trio Lendário — Dialga, Palkia e Giratina — e perturbando o equilíbrio do mundo.