A bela Cidade de Alamos é lar de um par de estruturas centenárias conhecidas como Torres Espaço-Tempo, construídas pelo arquiteto Godey para tocar música orquestral na região. As torres também abrigam o Ginásio de Concursos da Cidade de Alamos, que é o próximo destino de Dawn, Ash Ketchum e Brock em sua jornada pela região de Sinnoh. Uma mulher chamada Alice e seu parceiro Chimchar ficam felizes em guiar Ash e seus amigos pela cidade e seus marcos. Mas o passeio é subitamente interrompido quando o amigo de Alice, Tonio, percebe uma onda de distúrbios dimensionais por toda a cidade — tudo isso é atribuído a um Pokémon sinistro chamado Darkrai. Os distúrbios espaço-temporais continuam a se intensificar à medida que dois Pokémon lendários, o Pokémon Temporal Dialga e o Pokémon Espacial Palkia, aparecem para duelar, isolando a cidade e todos os presentes nela do mundo para outra dimensão! Ao descobrir que este evento foi previsto há muito tempo, Tonio encontra que seu bisavô deixou uma maneira de parar os Pokémon em duelo. Ash e seus amigos conseguirão usar este último recurso para salvar a Cidade de Alamos de vaporizar entre as dimensões?