Em um mundo onde Pokémon vivem e se comunicam uns com os outros, existem tesouros míticos conhecidos como as Engrenagens do Tempo que regulam o fluxo do tempo em suas respectivas áreas. Se uma for removida de seu lugar de descanso, o tempo irá congelar naquela área, de modo que nem mesmo Pokémon malignos ousam roubá-las. Mas, recentemente, anomalias no tempo têm aparecido por toda a terra, causando o surgimento de Dungeons Misteriosas e Pokémon violentos. Equipes de exploração Pokémon foram formadas para explorar essas Dungeons Misteriosas, prender os Pokémon violentos e ajudar a manter a paz. Descobriu-se que as anomalias no tempo não foram causadas pelo recente desaparecimento das Engrenagens do Tempo, mas pela Torre do Tempo que está lentamente desmoronando e por Dialga se corrompendo em Dark Dialga. O recém-infame ladrão Juptile havia roubado as Engrenagens do Tempo para levá-las à Torre do Tempo e impedir sua deterioração. A equipe de exploração Pokémon Team Pokédans — que consiste em Chimchar e um Piplup que já foi humano — deve se unir a Juptile para ir à Terra Fantasma, onde a Torre do Tempo está localizada. Se o trio falhar, a Torre do Tempo irá desabar completamente, deixando o mundo inteiro congelado no tempo para sempre...