Dois anos se passaram desde o fim da Quarta Grande Guerra Ninja. Konohagakure permaneceu em estado de paz e harmonia — até que o Sexto Hokage Kakashi Hatake percebe que a lua está se aproximando perigosamente da Terra, representando a ameaça de ruína planetária. Em meio ao grave problema, Konoha é invadida por um novo mal, Toneri Ootsutsuki, que de repente sequestra a irmã mais nova de Hinata Hyuuga, Hanabi. Kakashi despacha uma equipe ninja habilidosa composta por Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai e Hinata em um esforço para resgatar Hanabi das garras diabólicas de Toneri. No entanto, durante a missão, a equipe enfrenta vários obstáculos que os desafiam, frustrando seus esforços. Com o sequestro de Hanabi, os relacionamentos que a equipe compartilha são testados, e com o mundo à beira da destruição, eles devem correr contra o tempo para garantir a segurança de seu planeta. Enquanto isso, à medida que a batalha se desenrola, Naruto é levado a lutar por algo maior do que jamais imaginou — o amor.