Retornando a Konohagakure, os jovens ninjas celebram a derrota de um grupo de supostos membros da Akatsuki. Naruto Uzumaki e Sakura Haruno, no entanto, sentem-se diferentes. Naruto sente inveja das famílias que parabenizam seus camaradas, desejando a presença de seus próprios pais. Sakura, por outro lado, está zangada com seus pais "constrangedores" e deseja não ter pais. Os dois se chocam sobre seus ideais opostos, mas são confrontados com uma questão mais "premente" quando o mascarado Madara Uchiha de repente aparece e os transporta para um mundo alternativo. Neste mundo, os pais de Sakura são considerados heróis — pois deram suas vidas para proteger Konohagakure do ataque da Raposa de Nove Caudas há 10 anos. Consequentemente, os pais de Naruto, Minato Namikaze e Kushina Uzumaki, estão vivos e bem. Incapazes de voltar para casa ou encontrar o mascarado Madara, Naruto e Sakura permanecem neste novo mundo e desfrutam das mudanças que sempre desejaram. Tudo parece bem para os dois ninjas, até que uma ameaça inesperada surge que "empurra" Naruto e Sakura não apenas para lutar pela Konohagakure do mundo alternativo, mas também para encontrar um caminho de volta para o seu próprio.