Liderados por Yamato, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno e Sai são designados para capturar Mukade, um ninja renegado que está perseguindo o antigo chakra Ryuumyaku, localizado sob as ruínas de Rouran. Embora o Ryuumyaku tenha sido selado pelo Quarto Hokage, o grupo não consegue impedir Mukade de liberar seu poder. Consequentemente, uma forte explosão de energia "engole" Naruto e Yamato antes que possam escapar. Ao despertar em um reino magnífico, porém hostil, Naruto encontra sua jovem rainha Saara e três ninjas de Konohagakure em uma missão ultrassecreta. Eles revelam que ele viajou no tempo para Rouran, 20 anos no passado! Para piorar, Mukade já se infiltrou na corte real, tornando-se o ministro mais confiável da ingênua rainha sob o pseudônimo de Anrokuzan. Unindo forças com os três ninjas, Naruto deve proteger a vida de Saara sem falhas para deter os planos do vilão e retornar ao presente.