Lançando um ataque surpresa devastador, ninjas voadores da Terra do Céu buscam vingança contra seu antigo inimigo, Konohagakure. Apesar de sua ânsia em se juntar à luta, Naruto Uzumaki é impedido por Shinnou, um médico misterioso que requer sua ajuda para salvar uma pessoa ferida. Enquanto leva o homem ferido ao hospital, Naruto tem um encontro inesperado com Amaru — um jovem tempestuoso de uma vila vizinha que procura desesperadamente a ajuda de Shinnou. Enquanto isso, à medida que os invasores se retiram para restaurar suas forças, Tsunade aproveita a oportunidade para despachar uma pequena equipe, incluindo Sai, Shikamaru Nara e Kakashi Hatake, para atacar sua base. Simultaneamente, ela "comissiona" Naruto, Sakura Haruno e Hinata Hyuuga para acompanhar Shinnou e Amaru em sua jornada. Durante esse tempo, no entanto, Orochimaru tem seus próprios esquemas: ele ordena que Sasuke Uchiha lhe traga o médico especializado na técnica de reencarnação. À medida que o grupo de escolta acidentalmente descobre a verdade sinistra por trás dos ataques, planos tumultuosos são postos em movimento. Mas mesmo quando confrontado com um reencontro imprevisto, Naruto não vacila em seu esforço para acabar com a guerra e seus efeitos desastrosos.