O mundo foi engolido por uma guerra desesperada de três décadas contra o BETA — uma espécie alienígena que invadiu o planeta em 1973. Em meio a esse caos, um estudante do ensino médio chamado Takeru Shirogane acorda repentinamente de um pesadelo terrível onde vê a humanidade em completa derrota. Logo depois, ele percebe que seu sonho nada mais era do que as lembranças de sua vida em um universo alternativo. Nessas memórias, o projeto Alternative V é implementado, enviando centenas de milhares de pessoas para o espaço como último recurso para preservar a humanidade, enquanto deixa o bilhão restante na Terra para sofrer um destino cruel. Ansiando por mudar esse futuro sombrio, Takeru se junta a uma base militar em Yokohama, que por acaso é sua antiga escola de ensino médio. Lá, ele consegue convencer a vice-comandante da base e líder do projeto Alternative IV, Professora Yuuko Kouzuki, a impedir que o Alternative V aconteça. Para garantir o sucesso do Alternative IV, Takeru deve pilotar as gigantescas máquinas humanoides Tactical Surface Fighters (TSF) ao lado de seus colegas cadetes. No entanto, ele tem apenas dois meses para concluir seu treinamento e explorar seu conhecimento parcial do futuro — para que a tragédia subsequente não ocorra.