Graças à tecnologia da Professora Yuuko Kouzuki e aos poderes psíquicos de Kasumi Yashiro, o Cadete Takeru Shirogane viaja de volta ao seu mundo original. Sem tempo a perder, Takeru pretende alistar a ajuda de Yuuko em seu mundo para concluir o projeto Alternative IV — a última esperança que a humanidade tem contra o BETA, uma espécie alienígena que invade o planeta. À medida que o projeto anti-BETA se aproxima da conclusão, Takeru e outros cadetes se formam na academia de treinamento de pilotos de Yokohama. No entanto, durante um teste do novo sistema operacional para os Tactical Surface Fighters — os trajes de combate gigantes usados pela humanidade contra seu adversário — o BETA embosca Takeru e sua equipe. Mal escapando com vida, Takeru fica traumatizado após testemunhar a morte cruel de um de seus amigos próximos. Perdendo a vontade de lutar, Takeru foge de volta para o outro mundo, onde vivencia uma tragédia semelhante. De acordo com a teoria de Yuuko, pessoas de universos paralelos estão fadadas a sofrer o mesmo destino. Como resultado, Takeru deve superar seu trauma se quiser proteger aqueles que lhe são queridos.