Em um futuro distante, a dependência da humanidade em combustíveis fósseis levará ao seu completo esgotamento, uma crise de energia diferente de tudo que o mundo já testemunhou. Por retaliação e medo, a humanidade começou a focar em uma fonte alternativa de energia: a energia solar. Diferentes nações se uniram para formar três grandes facções — a União de Energia Solar e Nações Livres, a União Europeia Avançada e a Liga da Reforma Humana. Cada um desses setores tem acesso a um gerador de energia solar, o que lhes dá energia ilimitada. Como resultado, países que antes dependiam da venda de combustíveis fósseis agora estão mergulhados na pobreza, levando a anos de guerra e conflitos internos pelo controle da energia solar. Em meio a esse caos, uma organização paramilitar desconhecida, identificando-se como "Celestial Being", aspira a acabar com todas as guerras por meio de intervenção armada, usando Mobile Suits misteriosos e tecnologicamente avançados conhecidos como Gundams. Mobile Suit Gundam 00 segue a história dos Gundam Meisters da Celestial Being: Setsuna F. Seiei, Lockon Stratos, Allelujah Haptism e Tieria Erde. Esses quatro mergulham na devastadora batalha entre as três superpotências para cumprir seu objetivo de mudar o mundo.