No alvorecer do século XXI, a magia, há muito considerada folclore e contos de fadas, tornou-se uma tecnologia sistematizada e é ensinada como uma habilidade técnica. Na Primeira Escola Secundária, a instituição para magos, os alunos são segregados em dois grupos com base em suas notas no exame de admissão: os "Flores", aqueles que recebem notas altas, são designados para o Primeiro Curso, enquanto os "Ervas" são alunos reservas designados para o Segundo Curso. Mahouka Koukou no Rettousei segue os irmãos Tatsuya e Miyuki Shiba, que estão matriculados na Primeira Escola Secundária. Ao fazer o exame, a prodigiosa Miyuki é colocada no Primeiro Curso, enquanto Tatsuya é rebaixado para o Segundo Curso. Embora suas notas nos testes práticos e seu status como "Erva" mostrem que ele é magicamente inepto, ele possui conhecimento técnico extraordinário, capacidades de combate físico e técnicas de magia únicas — fazendo de Tatsuya o irregular em uma escola secundária mágica.