As ilustres magas Nanoha Takamachi, Fate Testarossa e Hayate Yagami agora trabalham como militares para o Escritório de Administração Espaço-Temporal no planeta Midchilda, tendo completado seus estudos na Terra nos últimos dez anos desde o incidente do "Livro das Trevas". Um dia, as três acabam ajudando o Escritório a responder a um grave incêndio no aeroporto, mas seus esforços não são reconhecidos. Uma série de eventos infelizes motiva Hayate a criar a unidade de elite Força de Combate 6, que lida com casos envolvendo segurança pública, bem como objetos mágicos perigosos conhecidos como Lost Logia. Lá, o trio trabalha ao lado de promissoras recrutas: Subaru Nakajima, Teana Lanster, Caro Ru Lushe e Erio Mondial, que suportam treinamento difícil para cumprir expectativas enquanto superam obstáculos e alcançam objetivos pessoais. No entanto, cumprir sua missão prova ser uma luta constante. Batalhando inimigos que exploram os Lost Logia e enfrentando críticas de dentro do próprio Escritório, a Força de Combate 6 rapidamente se vê sobrecarregada.