Nanoha Takamachi, uma estudante comum da terceira série que gosta de passar tempo com sua família e amigos, resgata um furão ferido com o qual havia sonhado na noite anterior. No dia seguinte, o furão clama por ela telepaticamente, pedindo a Nanoha que o salve. O furão se revela ser Yuuno Scrya, um mago de outro mundo que está tentando coletar as perigosas 21 Sementes de Joia que ele acidentalmente espalhou pelo mundo. Ele recruta a ajuda de Nanoha, presenteando-a com a varinha mágica Raising Heart, e a ensina como se tornar uma poderosa maga. Dias depois, após recuperar algumas das Sementes de Joia, outra maga aparece: Fate Testarossa. Mais forte que Nanoha, Fate se recusa a divulgar suas razões para tentar coletar as Sementes de Joia. Nanoha sente uma melancolia em seus olhos, mas Fate se recusa a se comunicar. Dirigido por Akiyuki Shinbo, Mahou Shoujo Lyrical Nanoha é uma história sobre o choque de emoções quando os objetivos colidem.