Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki e Fuu Hououji são estranhas unidas pelo destino quando se encontram durante uma excursão aparentemente normal à Torre de Tóquio. Acompanhadas por um grande "flash de luz", elas ouvem o apelo de uma mulher misteriosa para salvar "Cephiro", e as heroínas do ensino fundamental são subitamente "levadas" por um peixe gigante voador. Depois, elas chegam a uma terra desconhecida, onde encontram um homem chamado Mestre Mago Clef. Clef informa as garotas que elas foram convocadas pela Princesa Emeraude para cumprir seus destinos como Guerreiras Mágicas, restaurando a paz e o equilíbrio em Cephiro. A terra antes "animada" e pacífica esteve em desordem desde que o Sumo Sacerdote Zagato prendeu a princesa, que atuava como o "pilar de estabilidade" de Cephiro. As Guerreiras Mágicas aceitam relutantemente as palavras de Clef como verdade e embarcam em uma jornada para salvar Cephiro das garras do mal.