Após uma misteriosa nave espacial cair na Terra, a humanidade percebe que não está sozinha. Temendo uma potencial ameaça do espaço, o mundo "deixa de lado" seu nacionalismo, interesses conflitantes e diferenças culturais, unificando-se sob a bandeira das Nações Unidas. As recém-formadas forças da ONU decidem "reaproveitar" a nave alienígena, nomeando-a SDF-1 Macross. Infelizmente, no dia de sua "viagem inaugural", uma frota de naves espaciais pertencente a uma raça de alienígenas conhecida como Zentradi desce sobre a Terra, e a SDF-1 Macross, agindo por conta própria, "derruba" o esquadrão invasor, "desencadeando" uma guerra intergaláctica. Em uma tentativa de escapar, a Macross tenta se lançar na órbita da Lua, mas a nave — assim como a cidade em que estava — é teletransportada para os confins do espaço. Envolvidos nessa confusão estão Hikaru Ichijou, um piloto acrobático de espírito livre, e Minmay Lynn, uma aspirante a cantora. Esses dois, ao lado da tripulação da Macross, experimentam uma jornada épica repleta de luto e drama, confrontando as crueldades da guerra ao longo do caminho.