Yoshimura Sumimura vem de uma longa linhagem de "Kekkaishi", indivíduos que possuem habilidades sobrenaturais e são capazes de destruir criaturas malignas chamadas Ayakashi que se aventuram no reino humano de tempos em tempos. Os Ayakashi são demônios que procuram se banquetear com o poder que emana da terra de Karasumori, que também é onde a escola de ensino médio de Yoshimura está localizada. Agora, Yoshimura deve lutar para proteger sua amada escola e cidade natal. Embora, se dependesse dele, preferiria estar assando bolos a lutar contra os personagens feios que aparecem à noite. Felizmente, Yoshimura não é o único a ajudar a manter os vilões afastados. Sua amiga de infância e vizinha, Tokine Yukimura, se junta a ele nesta batalha justa. Apesar de serem de clãs rivais, esses dois formam uma equipe fantástica. E o trabalho em equipe é algo vital para combater o mal que se aproxima, pois os Ayakashi atacam em ondas, procurando reivindicar a terra como sua, e uma organização sombria observa, pronta para atacar quando for a hora certa...