Os famosos Sete Mistérios que toda escola parece ter são uma marca registrada das lendas urbanas japonesas. Uma das mais conhecidas dessas histórias é a de Hanako-san: o fantasma de uma jovem que assombra os banheiros da escola. A Academia Kamome tem sua própria versão da lenda de Hanako-san. Rumores afirmam que se alguém conseguir com sucesso invocar Hanako-san, ela concederá a seu invocador qualquer desejo. Atraídas pelos boatos, muitas pessoas tentaram chamá-la, mas todas as tentativas falharam. No entanto, quando Nene Yashiro, uma garota esperando por sorte no amor, ousa invocar Hanako-san, ela descobre que a "garota" rumoreada na verdade é um garoto! Após uma série de eventos infelizes envolvendo os desejos românticos de Yashiro, ela é involuntariamente envolvida no mundo sobrenatural, tornando-se assistente de Hanako-kun. Logo, ela descobre sobre o dever menos conhecido de Hanako-kun: manter o frágil equilíbrio entre mortais e aparições.