Arion Sherwind (Tenma Matsukaze) é um novo estudante na Escola Júnior Raimon. Devido ao seu amor pelo futebol, ele decide entrar para o time de futebol da escola, que conquistou sua reputação após a incrível performance mostrada dez anos antes no Fronteira de Futebol Internacional, um torneio que reúne as melhores equipes juvenis do mundo. Infelizmente, a escola outrora renomada não possui mais o espírito futebolístico que desfrutava. Isso se deve principalmente ao fato de que o futebol no Japão agora é controlado por uma entidade sombria conhecida como o "Quinto Setor". Eles sozinhos decidem o destino de cada partida, instruindo as equipes a vencer ou perder. As ações do Quinto Setor abateram os times de futebol do país, que não têm mais amor pelo jogo. Arion e seus companheiros de equipe procurarão mudar esse paradigma e lutar contra seus opressores malignos. Felizmente, eles não estarão sozinhos nesta batalha, pois receberão ajuda de um grupo conhecido como a "Resistência". Torça pelos garotos de Inazuma Eleven GO enquanto eles lutam o bom combate!