Inazuma Eleven GO: Chrono Stone se passa após o Torneio de Futebol da Estrada Sagrada. O herói do momento, Arion Sherwind (Tenma Matsukaze), viajou por todo o Japão para ensinar futebol às crianças. Ele retorna à Escola Júnior Raimon após completar sua missão, mas, para sua surpresa, ela não é mais a mesma Raimon Júnior High que ele se lembra. O clube de futebol é inexistente, e os membros do time campeão no Torneio de Futebol da Estrada Sagrada não têm lembrança de terem participado do torneio. Eles não se lembram nem de Arion nem do jogo de futebol que amavam. Enquanto Arion está perplexo com essa reviravolta, Alpha, o líder dos Agentes de Rota e capitão do time Protocol Omega, aparece de repente diante dele. Alpha declara que ele e sua equipe são responsáveis por apagar a paixão pelo futebol em Raimon, juntamente com as memórias dos membros do clube de futebol: e Arion será o próximo. É então que um garoto estranho chamado Fei Rune aparece bem a tempo de salvá-lo. Quem é Fei, e por que Alpha quer eliminar o futebol para sempre? Arion sabe que precisa fazer tudo ao seu alcance para sair vitorioso. É uma batalha que pode selar o destino do futebol para sempre.