Após a conclusão de "Hakuouki", Chizuru Yukimura e o Shinsengumi são forçados a fugir de Kyoto e partem de navio para Edo. Na ausência de seu comandante Isami Kondou, o vice-comandante Toshizou Hijikata assume o cargo de comandante interino. No entanto, Hijikata não está apenas lutando com os deveres extras de liderança—o que preocupa todos ao seu redor—mas também com uma recém-descoberta sede de sangue incontrolável. Para piorar a situação, o impulso não afeta apenas a ele, e está até começando a enlouquecer alguns de seus subordinados. Finalmente, Kondou retorna com ordens do imperador para defender o castelo, e um novo nome para seu esquadrão: o Kouyou Chinbutai. Mas na guerra, o equilíbrio de poder pode mudar de repente e as lealdades podem vacilar. Em "Hakuouki Hekketsuroku", Chizuru segue o Shinsengumi para o coração da guerra e continua a busca por seu pai desaparecido, tudo enquanto o vínculo entre ela e Hijikata se torna cada vez mais forte.