Após o encerramento do incrivelmente popular MMORPG de realidade virtual "The World", uma nova versão do jogo — The World R:2 — é lançada online. Em seu primeiro dia no jogo, o novato Haseo pensa ter feito alguns amigos para suas quests. No entanto, como se zombassem de seus sentimentos, eles matam seu personagem apenas por diversão. Por sorte, ele é salvo por um misterioso jogador de um braço só chamado Ovan, que se oferece para mostrá-lo em The World. Ao lado de Ovan e sua amiga clériga Shino, Haseo desfruta de um maravilhoso primeiro ano no jogo. Mas essa vida pacífica é despedaçada quando o personagem de Shino é morto por uma figura familiar notoriamente conhecida como Tri-Edge, cujas vítimas caíram em coma no mundo real. Em um acesso de raiva, Haseo jura encontrar o elusivo Tri-Edge e matá-lo. Ambientado durante o primeiro ano de Haseo em The World, .hack//Roots explora as amizades que Haseo construiu no jogo antes que Tri-Edge as arrancasse.