Quando Gintoki prende um pirata de filmes em uma estreia, ele verifica as filmagens da câmera e se vê transportado para uma versão sombria e pós-apocalíptica de Edo, onde uma misteriosa epidemia chamada "Peste Branca" devastou a população mundial. Acontece que o pirata do filme não era um pirata afinal — era uma máquina do tempo android, e Gintoki foi lançado cinco anos no futuro! Shinpachi e Kagura, seus colegas da Yorozuya, tiveram um desentendimento e agora são vigilantes solitários e endurecidos pela batalha, e ele mesmo está desaparecido há anos, sumindo sem deixar rastros depois de escrever uma mensagem estranha em seu diário. Partindo disfarçado como dado a ele pela máquina do tempo android, Gintoki reúne de forma desajeitada a equipe Yorozuya para investigar a Praga Branca, e logo descobre que a chave para salvar o futuro está na escuridão de seu próprio passado. Determinado a enfrentar um poderoso inimigo, ele faz uma descoberta importante — com um grupo heterogêneo de amigos e aliados ao seu lado, ele não precisa lutar sozinho.