Gintoki e seus amigos da Yorozuya (ou melhor, funcionários sofrendo violações trabalhistas), Shinpachi e Kagura, continuam a se virar na futurística cidade infestada de alienígenas de Edo. Eles aceitam qualquer trabalho que consigam encontrar, enquanto tentam não se envolver em nada muito perigoso. Mas quando Katsura, o líder dos rebeldes Joui e antigo conhecido de Gintoki, desaparece após ser brutalmente atacado por um assassino desconhecido, Shinpachi e Kagura iniciam uma investigação sobre seu paradeiro e a identidade do agressor. Enquanto isso, Gintoki assume um trabalho aparentemente não relacionado: o ferreiro Tetsuya pede que Gin recupere uma espada estranha e poderosa chamada Benizakura, que foi recentemente roubada. À medida que as duas investigações se intersectam gradualmente, a equipe da Yorozuya se vê no meio de uma grande conspiração que depende da natureza sinistra da espada Benizakura. Gintoki resolve levar a luta diretamente para a sede do inimigo e, junto com alguns aliados inesperados, parte para um de seus trabalhos mais perigosos até então.